Astratto cancro della prostata

Dal quale può essere il cancro alla prostata

Regioni di eterogeneità genetica limitata dovuta all'identità per discendenza autozigosità sono note per conferire suscettibilità ad un numero di malattie. Regioni di omozigosi germinale ROHs di Mb, il risultato di autozygosity, sono rilevabili ad alta frequenza in popolazioni outbred. Recenti studi hanno riportato che i ROH, possibilmente attraverso l'esposizione di alleli che causano malattie recessive o meccanismi alternativi, sono associati a un aumento del rischio di cancro. Curiosamente, uno dei ROH del carcinoma mammario è mappato a 6q Sebbene nessuno dei ROHs sia rimasto significativamente associato al rischio di cancro dopo l'aggiustamento per test multipli, un certo numero di ROH merita ulteriori interrogatori.

Tuttavia, i nostri risultati non forniscono prove evidenti del fatto che i livelli di omozigosi misurati, indipendentemente dalla loro eziologia autozigosità, isodisomia uniparentale o emizigosiaumentino astratto cancro della prostata rischio di sviluppare tumore al seno o alla prostata in popolazioni a predominanza di popolazione. I tumori al seno e alla prostata sono tra i tumori più comuni nelle popolazioni occidentali. Recenti studi di associazione genomica GWA sui tumori della mammella e della prostata hanno identificato diversi comuni polimorfismi a singolo nucleotide SNP in diversi loci che influenzano il rischio di questi tumori.

Nonostante i relativamente piccoli effetti predisponenti che astratto cancro della prostata individualmente al rischio di tumore, possono avere effetti più profondi funzionando di concerto. Inoltre, la loro identificazione ha fornito informazioni importanti e nuove sulla biologia del cancro al seno e alla prostata. La maggior parte dei geni di predisposizione al cancro che fino ad oggi sono stati identificati attraverso gli studi GWA funzionano in modo co-dominante, e gli studi non hanno trovato prove valide per loci di malattia recessivamente funzionanti.

Sebbene questo possa riflettere la biologia, potrebbe anche essere una conseguenza degli studi GWA che hanno una capacità subottimale di rilevare alleli della malattia che funzionano in modo recessivo. Situazioni specifiche di omozigosi sono state anche direttamente associate al astratto cancro della prostata, come la disomia uniparentale attraverso l'imprinting alterato.

Le regioni comuni di omozigosi ROHil risultato di autozygosity, hanno recentemente dimostrato di verificarsi ad alta frequenza in popolazioni outbred come risultato della selezione. Pertanto, la ricerca di ROH su base genomica fornisce un mezzo per potenzialmente esporre geni recessivamente funzionanti della malattia.

Recientemente, Assié et al. È stato segnalato un aumento significativo della frequenza di omozigosi nei casi rispetto ai controlli. Collettivamente, questi dati forniscono supporto all'ipotesi che esistano loci multipli, recessivi e predisposti al cancro, che non sono facilmente rilevabili utilizzando un approccio GWA convenzionale basato sull'analisi dei singoli SNP.

Sebbene gli studi GWA abbiano una limitata capacità di identificare alleli recessivi astratto cancro della prostata causano malattie attraverso singole analisi SNP, questi insiemi di dati possono potenzialmente essere sfruttati per cercare questa astratto cancro della prostata di alleli di suscettibilità attraverso l'analisi di omozigosi dell'intero genoma WGHA. Quindi, per esaminare se l'omozigosi è associata ad un aumentato rischio di astratto cancro della prostata cancro al seno o alla prostata e di cercare nuovi loci di malattia recessivi, abbiamo condotto un WGHA dei dati dello studio GWA sul cancro della prostata e della mammella generati dal Cancer Genetic Markers of Susceptibility CGEMS iniziativa.

Prima di condurre un WGHA dei due set di dati GWA, abbiamo sottoposto casi e controlli a un rigoroso controllo di qualità in termini di esclusione di campioni e SNP con bassi tassi di chiamata. Abbiamo poi valutato criticamente i set di dati per le differenze ancestrali mediante l'analisi delle componenti principali. La figura 1 mostra che tutte le serie di campioni erano paragonabili ed erano rappresentative degli antenati europei dopo aver escluso individui di diversa etnia.

Confronto di etnia in ciascuna delle serie di campioni. I primi due componenti principali dell'analisi sono stati tracciati.

Tracciati in nero, come "X", sono a casi di tumore al seno, b casi di cancro alla prostata, c controlli del cancro al seno e d controlli del cancro alla prostata. La figura 2 mostra la somiglianza tra grafici genome-wide della posizione di ciascun ROH tra i genomi astratto cancro della prostata entrambi i casi di cancro e controlli dai due studi. Trame a livello genomico che mostrano la posizione di ciascuna corsa di omozigosi tra i genomi nei casi a di carcinoma mammario e b controlli; c casi di cancro alla prostata e d controlli.

Il limite di soglia è stato impostato su un minimo di almeno 80 SNP consecutivi omozigoti. In entrambi i set di dati, sei ROH hanno superato la lunghezza di 12 Mb e includevano ROH comprendenti le regioni centromeriche dei cromosomi 3, 5, 6, 8, 11 e 16 Tabelle Supplementari 1 e 2. Sebbene la lunghezza di questi grandi ROH attraverso i astratto cancro della prostata sia in parte una conseguenza delle regioni estese che non sono annotate dagli SNP, è improbabile che questa sia l'unica spiegazione, poiché queste regioni centromeriche sono affiancate da ampie regioni omozigoti.

Una di queste regioni centromeriche 8p In entrambe le serie, il ROH che copre la regione genomica più estesa 28 Mb ha attraversato il centromero del cromosoma 3 3p In totale, 13 ROH erano comuni astratto cancro della prostata entrambi i set di dati.

Tra quelli comuni a entrambi i set di dati, cinque sono stati segnalati in precedenza ad alta frequenza e ad ospitare diverse categorie di geni che sono stati identificati per essere influenzati da astratto cancro della prostata alto grado di pressione selettiva.

Il numero totale di ROH comuni osservati in ciascun individuo è stato calcolato astratto cancro della prostata consentire il confronto dell'intero genoma tra casi e gruppi di controllo in ciascuno dei due set di dati. Pertanto, a ciascun individuo è stato assegnato un valore compreso tra 0 e nella serie di tumori al seno e un valore compreso tra 0 e nella serie di tumori della prostata.

Inoltre, per esaminare se ci fossero differenze nelle distribuzioni di ROH nei genomi di casi e controlli, abbiamo calcolato le distribuzioni cumulative per entrambe le serie Figura 3. Questa analisi non ha fornito supporto per una differenza nei profili di autozygosity tra casi e controlli in entrambi astratto cancro della prostata dati impostati su base genomica.

Inoltre, casi e controlli di entrambe le serie erano direttamente comparabili. Distribuzioni cumulative di ROH nella serie di tumore al seno e di tumore della prostata. Il grafico è presentato in modo tale che ogni punto di dati rappresenti la frazione cumulativa asse y dei campioni con la corrispondente corsa cumulativa minima di omozigosità asse x.

Cinque di questi sei ROH erano più comuni nei casi che astratto cancro della prostata controlli. La mappatura ROH a 6q Un'associazione tra 4q Il comportamento clinico del cancro alla prostata è eterogeneo ed è probabile che rifletta le differenze nella biologia tumorale e possibilmente nell'eziologia molecolare.

A questo proposito, abbiamo condotto un'analisi di sottogruppi di casi di cancro alla prostata stratificati per fenotipo aggressivo. Tuttavia, questa analisi non ha fornito alcun ulteriore supporto per una relazione tra ROH e rischio di cancro alla prostata dati non mostrati. Due recenti studi sul cancro hanno riportato che le firme di autozygosity sono correlate con l'incidenza astratto cancro della prostata tumore, e si è proposto che queste regioni che mostrano IBD possano essere le posizioni dei geni che contribuiscono alla ereditabilità del tumore.

In questo studio, abbiamo utilizzato dati di scansione genomica ad alta densità per confrontare la struttura della variazione genetica in astratto cancro della prostata con carcinoma mammario e prostatico con controlli sani. Imponendo un severo controllo di qualità, abbiamo assicurato che le persone nel nostro studio provenissero da una popolazione apparentemente pan-tacica senza prove di stratificazione. I nostri dati forniscono un'ulteriore prova del fatto che i ROH, di dimensioni comprese tra 1 e 28 Mb, sono comuni negli individui di una popolazione non controllata.

Inoltre, queste regioni omozigoti sono troppo comuni e piccole per essere causate dalla recente consanguineità, invece sono coerenti con le regioni sotto pressione selettiva.

Sulla base della nostra analisi, tuttavia, non vi è stata evidenza di un'associazione tra omozigosi e rischio di carcinoma della mammella o della prostata - in base alla dimensione totale del ROH per individuo o alla ROH specifica. L'affermazione secondo cui l'aumento di autozigosità si correla con l'incidenza del cancro fornisce una spiegazione interessante per il astratto cancro della prostata rischio di cancro riportato nelle popolazioni inbred. Tuttavia, come recentemente articolato, diverse critiche possono essere livellate a questa affermazione.

L'osservazione di un aumento del rischio di cancro associato alla consanguineità si è spesso basata su studi su un piccolo numero di individui in una comunità isolata o su una singola grande famiglia con un alto livello di consanguineità. Pertanto, la rilevanza della consanguineità rispetto al rischio di cancro della popolazione non è chiara, in quanto è possibile confondere gli effetti dell'incrocio e del fondatore.

Le dimensioni del campione in studi molecolari, 15, 16 che hanno cercato di stabilire una relazione tra ROH e rischio di cancro, sono state generalmente piccole e, soprattutto, casi e gruppi di controllo sono stati etnicamente eterogenei o ineguagliati. In questo studio, abbiamo affrontato queste carenze nel nostro studio sul cancro della prostata e della mammella analizzando un ampio insieme di casi e controlli che sono stati genotipizzati per diverse centinaia di migliaia di SNP e imposto un alto livello di controllo della qualità sia in termini di genotipizzazione che di campione ascendenza.

Non promuovendo l'uso di valori P non corretti, è interessante il fatto che la nostra analisi abbia identificato due regioni precedentemente coinvolte nella suscettibilità a questi tumori. In conclusione, le nostre scoperte non forniscono la prova che i livelli di omozigosi misurati, indipendentemente dalla loro eziologia, dall'autozigosità, dall'isodisomia astratto cancro della prostata o dall'emizigosi, conferiscono un aumento del rischio di sviluppare tumore al seno o alla prostata in una popolazione astratto cancro della prostata emarginata.

Inoltre, è improbabile che esista un gran numero di alleli recessivi che predispongono al cancro della mammella o alla prostata e sono smascherati dall'autosomministrazione nella astratto cancro della prostata parte delle popolazioni europee. Questa analisi non esclude la possibilità che esistano alleli di malattia recessivamente funzionanti per questi tumori, quali che siano i loro penetrani, o che l'autozigosità possa operare in popolazioni caratterizzate da un alto livello di consanguineità.

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